Der Sohn eines Schneiders besuchte ab 1935 die Volksschule im böhmischen Wurzelsdorf. An der Staatsfachschule für Schmuckindustrie in Gablonz an der Neiße nahm er 1943 eine Lehre als Glasmaler auf. Im April 1945 wurde er zum Volkssturm eingezogen, kam jedoch nie zum Einsatz. Nach Ende des Zweiten Weltkriegs wurde er, wie die meisten Sudetendeutschen, aus der Tschechoslowakei vertrieben. 1946 wurde er nach Röbel/Müritz umgesiedelt und arbeitete zunächst als Hilfsarbeiter in einer Drechlerwerkstatt. Werner Schinko studierte von 1950 bis 1955 an der Kunsthochschule Berlin-Weißensee, wo Werner Klemke zu seinen Lehrern gehörte. Er wurde Buchillustrator für den Hinstorff Verlag und bearbeitete zwischen 1959 und 1989 mehr als einhundert Buchtitel, darunter 30 Bände mit niederdeutscher Literatur und zahlreiche Kinderbücher.

Die Fritz Reuter Gesellschaft, deren Ehrenbrief Werner Schinko erhielt, stellte 1997 bei der Auswertung ihrer Stasi-Akten (Feindobjekt „Zentrum“) fest, dass die Stasi 1988 vergeblich versucht hatte, Schinko gegen die Reuter-Gesellschaft „operativ zu nutzen“. Im Jahr 2004, zu Schinkos 75. Geburtstag, dankte die Gesellschaft ihm ausdrücklich für „seine aufrechte und klare Haltung gegenüber der Staatssicherheit der DDR."